Oberstes Organ des ZDA ist die Gesellschafterversammlung, bestehend aus je zwei Vertreter/innen der vier Trägerinstitutionen. Ihr obliegt die strategische Steuerung des ZDA.

Vertreter/innen Stadt Aarau
Dr. Hanspeter Hilfiker, Stadtpräsident Aarau
Prof. Dr. Thomas Bernauer, Politologe

Vertreter/innen Kanton Aargau
Regierungsrat Alex Hürzeler, Departement Bildung, Kultur & Sport (BKS)
Dr. Katja Gentinetta, Politische Philosophin und Publizistin; Lehrbeauftragte der Universität Luzern und Zürich

Vetreter/innen Universität Zürich (UZH)
Prof. Dr. Thomas Gächter, Rechtswissenschaftliches Institut
Prof. Dr. Elisabeth Stark, Prorektorin Forschung

Vertreter/innen Fachhochschule Nordwestschweiz
Prof. Dr. Guido McCombie, Direktor Pädagogische Hochschule FHNW
Prof. Dr. Wassilis Kassis, Leiter Institut Forschung und Entwicklung an der Pädagogischen Hochschule FHNW

Vorsitz: Dr. Hanspeter Hilfiker, Stadtpräsident Aarau

Ehemalige Mitglieder der Gesellschafterversammlung:

• Dr. Alexander Hofmann, FHNW
• Dr. Marcel Guignard, Aarauer Stadtpräsident
  
• Prof. Dr. Hanspeter Kriesi, Politikwissenschaftler, Universität Zürich
• Thomas Pfisterer, Regierungsrat Aargau
  
• Prof. Dr. Andreas Fischer, Rektor Universität Zürich
  
• Prof. Dr. Ottfried Jarren, Prorektor Universität Zürich
• Prof. Dr. Crispino Bergamaschi, Direktionspräsident FHNW
• Prof. Dr. Gabriele Siegert, Prorektorin und Vize-Rektorin
• Prof. Dr. Sabina Larcher, Direktorin Pädagogische Hochschule FHNW

Die Direktion des ZDA besteht aus den drei Abteilungsleiter/innen, die Professorinnen oder Professoren an der UZH oder an der FHNW sind:

Abteilungsleiter Allgemeine Demokratieforschung (ADF): Prof. Dr. Daniel Kübler
Abteilungsleiter Centre for Research on Direct Democracy (c2d): Prof. Dr. Andreas Glaser
Abteilungsleiterin Politische Bildung und Geschichtsdidaktik (PBGD): Prof. Dr. Monika Waldis

Vorsitz: Prof. Dr. Monika Waldis

Ehemalige Direktionsmitglieder:

Prof. Dr. Béatrice Ziegler, ehem. Abteilungsleiterin PBGD
Prof. Dr. Andreas Auer, Prof. Dr. em. für öffentliches Recht Universität Zürich

Der Wissenschaftliche Beirat berät die Direktion bei der Konzeption des Forschungsprogramms des ZDA und fördert die Zusammenarbeit mit anderen wissenschaftlichen Einrichtungen im In- und Ausland.

Prof. Dr. Daniel Moeckli
Lehrstuhl für Öffentliches Recht mit internationaler und rechtsvergleichender Ausrichtung Universität Zürich

Prof. Dr. Silja Häusermann
Ordentliche Professorin für Schweizer Politik und vergleichende politische Ökonomie
Universität Zürich

Prof. Dr. Yannis Papadopoulos
Professeur de politique suisse et de politiques publiques
Université de Lausanne

Prof. Dr. Carla van Boxtel
Professor of Teaching Methodology, with a focus on history education
University of Amsterdam

Prof. Dr. Bernhard Waldmann Direktor des nationalen Zentrums, Institut für Föderalismus Vize-Dekan der Rechtswissenschaftlichen Fakultät
Universität Freiburg

Ehemalige Mitglieder: Prof. Dr. Dirk Lange, Professur für die Didaktik der Politischen Bildung, Leibnitz Universität Hannover, Prof. Dr. Giovanni Biaggini (bis Ende 2021), Lehrstuhl für Staats-, Verwaltungs- und Europarecht Universität Zürich, Prof. Dr. Peter Seixas (bis 30.6.2016), Direktor des Centre for the Study of Historical Consciousness Professor and Canada Research Chair in Education University of British Columbia, Prof. Dr. Dietlind Stolle (bis 11.03.2016) Assistant Professor in Political Science (McGill University)

Mittels dieses Organs haben die Mitarbeitenden die Möglichkeit, zu strategischen oder organisatorischen Fragen des ZDA Stellung zu nehmen und entsprechende Anträge an die Direktion oder die Gesellschafterversammlung zu stellen.