Oberstes Organ des ZDA ist die Gesellschafterversammlung, bestehend aus je zwei Vertreter/innen der vier Trägerinstitutionen. Ihr obliegt die strategische Steuerung des ZDA.

Vertreter/innen Stadt Aarau    
Jolanda Urech, Stadtpräsidentin Aarau
Prof. Dr. Thomas Bernauer, Politologe

Vertreter/innen Kanton Aargau      
Regierungsrat Alex Hürzeler, Departement Bildung, Kultur & Sport (BKS)
Dr. Katja Gentinetta, Politische Philosophin

Vetreter/innen Universität Zürich (UZH)
Prof. Dr. Gabriele Siegert, Prorektorin
Prof. Dr. Thomas Gächter, Rechtswissenschaftliches Institut

Vertreter/innen Fachhochschule Nordwestschweiz
Prof. Dr. Sabina Larcher, Direktorin Pädagogische Hochschule FHNW
Dr. Alexander Hofmann, Vizedirektor Pädagogische Hochschule FHNW

Vorsitz: Regierungsrat Alex Hürzeler

Ehemalige Mitglieder der Gesellschafterversammlung:
Dr. Marcel Guignard, Aarauer Stadtpräsident von 1988–2013
Prof. Dr. Hanspeter Kriesi, Politikwissenschaftler, Universität Zürich
Thomas Pfisterer, Regierungsrat Aargau von 1991–2000
Prof. Dr. Andreas Fischer, Rektor Universität Zürich von 2008–2013
Prof. Dr. Ottfried Jarren, Prorektor Universität Zürich
Prof. Dr. Crispino Bergamaschi, Direktionspräsident FHNW

Die Direktion des ZDA besteht aus den drei Abteilungsleiter/innen, die Professorinnen oder Professoren an der UZH oder an der FHNW sind:

Abteilungsleiter Allgemeine Demokratieforschung (ADF): Prof. Dr. Daniel Kübler
Abteilungsleiter Centre for Research on Direct Democracy (c2d): Prof. Dr. Andreas Glaser
Abteilungsleiterin Politische Bildung und Geschichtsdidaktik (PBGD): Prof. Dr. Monika Waldis

Vorsitz: Prof. Dr. Andreas Glaser

Ehemalige Direktionsmitglieder: 

Prof. Dr. Béatrice Ziegler, ehem. Abteilungsleiterin PBGD
Prof. Dr. Andreas Auer, Prof. Dr. em. für öffentliches Recht Universität Zürich

Der Wissenschaftliche Beirat berät die Direktion bei der Konzeption des Forschungsprogramms des ZDA und fördert die Zusammenarbeit mit anderen wissenschaftlichen Einrichtungen im In- und Ausland.

Prof. Dr. Giovanni Biaggini
Lehrstuhl für Staats-, Verwaltungs- und Europarecht
Universität Zürich

Prof. Dr. Silja Häusermann
Ordentliche Professorin für Schweizer Politik und vergleichende politische Ökonomie
Universität Zürich

Prof. Dr. Dirk Lange
Professur für die Didaktik der Politischen Bildung
Leibnitz Universität Hannover

Prof. Dr. Yannis Papadopoulos
Professeur de politique suisse et de politiques publiques
Université de Lausanne

Prof. Dr. Carla van Boxel
Professor of Teaching Methodology, with a focus on history education
University of Amsterdam

Prof. Dr. Bernhard Waldmann Direktor des nationalen Zentrums, Institut für Föderalismus Vize-Dekan der Rechtswissenschaftlichen Fakultät
Universität Freiburg

Ehemalige Mitglieder: Prof. Dr. Peter Seixas (bis 30.6.2016), Direktor des Centre for the Study of Historical Consciousness Professor and Canada Research Chair in Education University of British Columbia, Prof. Dr. Dietlind Stolle (bis 11.03.2016) Assistant Professor in Political Science (McGill University) 

Mittels dieses Organs haben die Mitarbeitenden die Möglichkeit, zu strategischen oder organisatorischen Fragen des ZDA Stellung zu nehmen und entsprechende Anträge an die Direktion oder die Gesellschafterversammlung zu stellen.